Em meio a muitas violações a liberdade religiosa praticadas pelo governo em vários lugares, cristãos das etnias Karen, Karenni, Chin e Kachin, e muçulmanos Rohingyas são os mais perseguidos. Mas enquanto o regime militar de Mianmar, o Conselho para a Paz e Desenvolvimento do Estado (CPDE), promove o crescimento do budismo em áreas étnicas com grande número de cristãos e muçulmanos, eles estão apenas usando o budismo como uma ferramenta política. Quando os budistas não estão alinhados com a junta, eles se tornam alvos.

O lado público do CPDE que controla as comunidades religiosas é o Ministério para Assuntos Religiosos, liderado pelo ministro, Brig-Gen Thura Myint Maung e pelo deputado ministro Brig-Gen Thura Aung Ko. É normal para os membros-chave do regime terem uma patente militar e o ministro também tem outros supervisionando as atividades religiosas em nível local por todo o país. O ministro sabiamente declara aos visitantes estrangeiros que embora Mianmar seja um país budista existe liberdade para todos os tipos de fé.

O CPDE freqüentemente se disfarça na imaginação e na linguagem do budismo quando é politicamente conveniente. Em dezembro de 2004, o encontro budista internacional com duração de três dias foi realizado na capital, Rangoon. e assistido por mais de 1000 monges budistas de todo o mundo. O general sênior da junta Than Shwe disse sobre o encontro: "Nós devemos livrar o mundo das raízes do mal e plantar as sementes da bondade, tolerância, bondade e altruísmo pelo bem da paz e da prosperidade".

O CPDE já prendeu 1400 pessoas, e está combatendo as etnias minoritárias. A junta é acusada por inúmeras violações aos direitos humanos, incluindo o uso sistemático do estupro como arma de guerra, do trabalho forçado, da mudança de residência forçada, do recrutamento de crianças como soldados, de homens bomba, de tortura, de assassinatos arbitrários, e da destruição de vilarejos, plantações e suprimentos elevando a crimes contra a humanidade e, em algumas áreas, genocídio. A junta militar também mudou o nome do país Myanmar, assim como da capital Rangoon para Yangon, sob os protestos da oposição democrática que alegam que o regime não tem o direito de mudar estes nomes sem consultar o povo.

É muito difícil conseguir informações confiáveis do interior de Mianmar sobre a liberdade religiosa. Aproximadamente 300 monges e noviços budistas estão presos, de acordo com um relatório liberado pela Associação de Assistência para Presos Políticos em Mianmar (AAPP). O relatório, Mianmar: Uma Terra onde Monges Budistas são Despojados e Detidos em Prisões, fornece evidências das violações a liberdade religiosa no país.

De acordo com o relatório da AAPP, aproximadamente 600 monges foram mortos durante o massacre dos simpatizantes pró-democracia em 1988. Dois anos depois, mais de 7000 monges e noviços foram atacados enquanto recebiam pacificamente donativos nas ruas da cidade de Mandalay em memória dos que morreram em 1988. Monges e noviços foram presos em várias ocasiões desde então, incluindo em 1990 quando a união de monges de Mandalay começou a campanha "Virando as Panelas" em protesto contra o regime militar. Os monges rejeitavam comida, ofertas religiosas e doações de soldados e de seus familiares, e recusavam-se a realizar cerimônias religiosas para oficiais militares ou a participar de cerimônias organizadas por representantes do regime. Este boicote se espalhou pela nação.

Uma segunda campanha "Virando as panelas" foi lançada em 2003. Quando monges e noviços se recusavam a aceitar doações de oficiais militares que visitavam o templo, eles foram presos e afastados do sacerdócio. Aproximadamente 300 monges foram forçados a abandonar o sacerdócio na prisão.

A AAPP em seu relatório conclama todas as organizações budistas do mundo a "condenar o regime militar de Mianmar por usar a religião como uma ferramenta para propósitos políticos, e para a intromissão do Estado nos assuntos Sangha," e recomenda que grupos budistas internacionais boicotem qualquer conferência, seminário, intercâmbio e visitas religiosas em Mianmar até que a situação política melhore. (O termo budista Sangha, neste contexto, significa comunidade monástica.)

Em 3 de Janeiro de 2005, tropas armadas de Mianmar derrubaram uma cruz de 15 metros construída por cristãos Chin em um monte em Matupi, no estado Chin no noroeste de Mianmar junto à fronteira com a Índia. Acredita-se que esta era a última cruz exposta em local público. Outras cruzes em cidades como Tonzang, Tedim, Falam, Hakha e Thantlang foram destruídas nos últimos anos, e o Exército de Mianmar tem forçado cristãos do interior a construir altares budistas no lugar das cruzes cristãs.

De acordo com a Organização Chin de Direitos Humanos (OCDH), "o regime tem adotado uma política de perseguição religiosa contra os cristãos Chin de modo a expandir a  influência do budismo nos territórios Chin." O povo Chin é 90% cristão e vive perto da fronteira oeste de Mianmar com a Índia. "O principal objetivo é conseguir o controle do povo Chin através da aniquilação de sua cultura, religião e identidade étnica", contestou a OCDH. "A destruição das cruzes, dos prédios das igrejas e a perseguição aos líderes religiosos cristãos têm como objetivo evidente destruir a força de vontade e lado psicológico dos cristãos Chin."

A destruição da última cruz levou a protestos de cristãos Chin exilados na Malásia e na Índia. Em Kuala Lumpur, Malásia, 164 manifestantes Chin foram presos em janeiro depois de protestarem em frente à embaixada de Burma. Cristãos Chin entregaram uma carta ao embaixador de Burma pedindo o fim da perseguição religiosa em sua terra natal. Um protesto similar aconteceu uma semana depois na embaixada de Burma em Nova Deli, Índia.

Enquanto cristãos de grupos étnicos ao longo das fronteiras de Burma sofrem severa perseguição, cristãos nas cidades têm mais liberdade. De acordo com um líder de uma igreja em Burma na cidade de Rangoon, "nós não podemos dizer que somos perseguidos por causa de nossa fé, mas existem muitas restrições". As igrejas sofrem restrições quanto às pessoas que podem ser convidadas para os cultos, quanto ao que pode ser dito e quanto aos lugares onde podem se encontrar, porém eles não enfrentam as mesmas dificuldades que as igrejas em  Chin, Karen e Karenni. "Não vemos pessoas religiosas sendo aterrorizadas," disse ao Fórum 18 um líder de uma igreja do ocidente que recentemente visitou o país. "As pessoas têm liberdade de cultuar, mas não há liberdade religiosa."

A perseguição religiosa em Burma está diretamente relacionada com conflitos étnicos e políticos, é por isso que as igrejas localizadas nas cidades, que estão sob o controle do regime, enfrentam poucos problemas. "A situação dos grupos religiosos é agravada pela situação política interna," explicou o líder cristão do ocidente. "Muitos cristãos são de tribos étnicas que fazem oposição ao governo, o que torna as coisas mais difíceis para ambos os lados."

Aconteceram alguns "movimentos positivos" para melhorar a liberdade religiosa, acrescentou o líder. Em fevereiro, 80.000 católicos romanos participaram do Segundo Congresso Eucarístico Nacional de Myanmar, no centro Marian em Nyanglebin, diocese de Rangoon (o primeiro encontro deste tipo desde 1956). Uma mensagem especial do Papa João Paulo II foi lida para a multidão pelo Arcebispo de Rangoon Charles Bo, e o Nuncio Papal para a Tailândia e Delegado Apostólico para Myanmar, Arcebispo Salvatore Pennacchio presidiu a missa. Um padre católico Karen confirmou ao Fórum 18. "Isto é verdade. Todos os bispos de Mianmar estavam presentes. Muitos padres, homens e mulheres religiosos também estavam. Não houve nenhum problema.

O padre, cujo nome não pode ser divulgado por questão de segurança, acrescentou: "A igreja católica não tem conflitos com a atual sociedade. Como a igreja em Mianmar não se envolve em conflitos políticos, ela tem liberdade para realizar suas comemorações."

Depois da importante festa islâmica Eid-ul-Adha em janeiro de 2005, muçulmanos Rohingyas no norte do Estado de Arakan relataram que eles foram multados por tropas do regime por terem sacrificado animais na celebração da festa, como também foram alvo de extorsão financeira em festivais budistas, e foram encorajados por tropas do regime a fazer parte destes festivais. Pela primeira vez nos últimos anos, muçulmanos foram proibidos de celebrar a Eid em lugares abertos e a celebração ficou restrita às mesquitas. Foram feitos também relatos de violência contra os muçulmanos instigada por monges budistas ligados ao regime.

O governo militar mantém vigilância severa para os encontros religiosos, exigindo permissão específica para qualquer evento especial e para convidar visitantes para os encontros. Líderes religiosos estão sujeitos a supervisão intensa e acredita-se que espiões do governo operam junto às comunidades religiosas. Alguma literatura religiosa é publicada no país, sob o controle das autoridades. Grupos religiosos que tentam manter contato com grupos internacionais sabem que seus contatos são monitorados pelas autoridades.