A Grécia é o único país da União Européia a banir o proselitismo em sua constituição, e também o único deste bloco econômico a ter sido condenado pela Corte Européia de Direitos Humanos devido à falta de liberdade religiosa, no caso Kokkinakis. Embora este país tenha progredido na proteção de liberdade religiosa, a corrida para os Jogos Olímpicos de Atenas expõe o calcanhar de Aquiles da Grécia em seus registros de direitos humanos.

A maioria da população de quase onze milhões de gregos (cerca de 95,2%) faz parte da Igreja Ortodoxa, mas também existe uma minoria de outras religiões como muçulmanos, protestantes, católicos romanos, judeus e testemunhas de jeová. Um desenvolvimento significante na mistura étnica da Grécia desde 1990, tem representado a chegada de quase um milhão de imigrantes legais e ilegais, sendo na sua maioria muçulmanos, de países vizinhos. Muitos deles são albaneses - cerca de setecentos mil legais e ilegais.

A posição da Igreja Ortodoxa Grega e sua relação com o estado encontram-se no Artigo 3º, parágrafo 1 da presente Constituição (1975/1986/2001). De acordo com esse artigo: a) o dogma da Igreja Grega Ortodoxa passa a ser a religião prevalecente, b) A Igreja da Grécia está inseparavelmente unida na doutrina com a Patriarcal Ecumênica da Constantinopla e com todas as outras Igrejas Ortodoxas, c) A Igreja é auto-administrada. O governo, sob a direção do Ministro da Educação e da Religião, provê alguns apoios financeiros, por exemplo, pagar os salários de treinamentos religiosos e do clero, e financiar a manutenção dos prédios da Igreja Ortodoxa. Essa relação especial entre o Estado Grego e a Igreja Ortodoxa tem motivos históricos e antigas tradições estabelecidas, e muitos gregos atribuem a preservação da identidade nacional grega durante os quatrocentos anos da ocupação otomana da Igreja Ortodoxa. A separação da Igreja e do Estado iria requerer uma emenda da Constituição.

A comunidade muçulmana, que está concentrada em Társis, nordeste da Grécia, com pequenas comunidades nas ilhas de Rodes e Kos, bem como na capital Atenas, está composta principalmente da etnia turks, mas também inclui as etnias Pomaks e Roma. De acordo com fontes oficiais, duzentos e oitenta e sete mesquitas atuam de maneira livre em Társis, Rodes e Kos. Há também um número crescente de imigrantes da Albânia, sul da Ásia e em outras localidades em Atenas e em algumas áreas rurais. A comunidade em Atenas ainda está sem a sua própria mesquita ou o clero indicado pelo estado para trabalhar em vários serviços religiosos, incluindo funerais. No ano de 2000 o Parlamento aprovou uma verba permitindo a construção do primeiro centro cultural islâmico e mesquita em Atenas: entretanto, a construção ainda não começou por causa dos membros da Igreja Ortodoxa, sem qualquer permissão administrativa, mas com a permissão da polícia.

Pelo que se sabe da situação legal da liberdade religiosa, não houve desde o ano de 2001 mudanças significativas. A Igreja Ortodoxa, o Judaísmo e o Islã ainda são os únicos grupos considerados pela lei como pessoas jurídicas. Recentemente, a Igreja Católica Romana na Grécia, depois da decisão da corte, recebeu estatus legal e foi, no ano de 2003, convidada pelo Ministério da Educação e Religião para fazer parte de um diálogo em seu estatus legal. Os católicos não querem o estatus de pessoa jurídica e prefeririam que a lei grega fosse mudada para se alinhar com a situação de outros países da União Européia.

Outras comunidades religiosas, tais como os evangélicos e testemunhas de jeová, que são principalmente compostas por cidadãos de etnia grega, são consideradas como pessoas jurídicas. Isso quer dizer que essas minorias, pelo fato de sua situação como pessoa jurídica, não podem ser corporativamente representadas na corte, e não podem como comunidades, possuírem ou herdarem propriedades. De acordo com a constituição, todas as pessoas residentes na Grécia desfrutam de proteção plena para praticar a religião que é desejada. Entretanto, a Constituição, apesar do julgamento da Corte Européia de Direitos Humanos, ainda proíbe o proselitismo (Artigo 13) e estipula que nenhum rito de adoração pode comprometer a ordem pública ou ofender os princípios morais.

Também, de acordo com as leis de 1363, de 1938, e 1672, de 1939, que alguns religiosos gregos consideram ditatorial, reconheceram que grupos religiosos conhecidos são solicitados a obter permissão para ter uma casa de adoração junto ao Ministério da Educação e da Religião, no sentido de possuírem uma instalação própria. É importante lembrar que isso permite constituir a única maneira na qual o estado reconhece uma religião. Mas desde o julgamento do Manoussakis da Corte Européia de Direitos Humanos, emitido no ano de 1996, os pedidos de permissão para este tipo de instalação para fins religiosos são aceitos pelo Ministério da Educação e Religião. Parece que a administração tem compreendido a mensagem da corte melhor que os legisladores da Grécia. Pela lei, o Ministério da Justiça pode basear sua decisão para emitir a permissão no parecer do bispo local ortodoxo, e a polícia tem o direito de indiciar as comunidades religiosas que atuam ou constroem locais religiosos sem uma permissão.

Entretanto, a liberdade religiosa na Grécia hoje ainda depende de fatores tais como a opinião da religião predominante. Um exemplo desse fator que afeta a instalação de um prédio, é o caso da Igreja Evangélica Livre de Filatra, na península do Peloponeso. Embora o Ministério tenha concedido sua permissão, o bispo local ortodoxo protestou desse parecer declarando a necessidade de proibir o proselitismo ilegal. Essa opinião do bispo ortodoxo deixa a situação legal desses evangélicos incerta.

A autoridade administrativa independente, o ombudsman, tem contribuído de maneira significativa para a proteção das minorias religiosas. Mas a polícia local ainda possui autoridade de perseguir essas minorias que atuam ou constroem instalações para fins religiosos sem a permissão do estado, embora isso não tem acontecido nos últimos dois anos. Entretanto, ainda é comum a prática da polícia de levar adeptos de minorias religiosas à delegacia para identificação. Em um parecer feito no ano de 2001, a corte de Cassação julgou que a lei que requer permissão para atuar como casa de adoração, não é violação de direitos de liberdade religiosa. Somente uma pequena minoria de juízes tinha a opinião que esse sistema preventivo fosse uma brecha tanto para a Constituição como para a Convenção.

Um conflito entre a igreja e o estado gira em torno do registro da religião de um indivíduo no cartão de sua identidade. Pelo fato da identificação da igreja Ortodoxa da nação com a igreja, isso acabou favorecendo a continuação dessa prática. Oponentes apontaram a Constituição e a lei 2472/1997, que proibia dados pessoais íntimos de serem registrados ou revelados sem o devido consentimento. Apesar da crítica da Igreja Ortodoxa, o governo começou, em 2001, a emitir novos cartões de identidade que não possui espaço para afiliação religiosa. Essa decisão acarretou em uma crise nas relações com o estado e a religião predominante. O Conselho do Estado, a mais alta corte administrativa, decidiu em seu julgamento de 2001, neste caso, que o fato de aparecer no cartão de identidade a religião, viola a liberdade individual.

Mesmo que a Grécia tenha progredido na proteção à liberdade religiosa, a corrida para os jogos olímpicos faz da liberdade religiosa o calcanhar de Aquiles.