O extremismo islâmico é a maior fonte de perseguição aos cristãos na Nigéria, país que ocupa o 12º lugar na atual Classificação da Perseguição Religiosa. A perseguição está focada em todos os tipos de cristianismo, principalmente nos Estados do Norte. A sharia (lei islâmica) que julga os nigerianos tem causado muitos conflitos aos não muçulmanos de diferentes grupos religiosos, fazendo minar os direitos humanos fundamentais na maioria dos casos. 

A batalha do grupo extremista Boko Haram para islamizar a Nigéria, nação que já sofreu vários golpes de estado, vem sendo travada há tempos, com seus ataques cada vez mais violentos e com o foco principal sempre nos cristãos, principalmente aqueles que eram muçulmanos e se converteram ao cristianismo, porque são vistos como traidores e apóstatas. De acordo com os relatórios mais recentes da Portas Abertas, o parlamento nigeriano está considerando algumas emendas na Constituição, para as questões envolvidas na Corte de Apelação da Sharia que, dentro da estrutura jurídica do país, vem depois da Suprema Corte. 

As alterações podem permitir recursos de apelação e supervisão em processos civis e criminais que envolvem questões de direitos pessoais dos islâmicos para determinar penalizações. Se as emendas forem aprovadas, podem prejudicar os cristãos e as demais minorias religiosas, pois não há garantia de que as penas não serão aplicadas para aqueles que não querem ser julgados em tribunais onde a sharia prevalece. Atualmente, os nigerianos têm a opção de serem julgados por cortes islâmicas regidas pela sharia ou não, já que o governo adota o sistema dual: secular e islâmico ao mesmo tempo. Mas as leis que foram inspiradas na vida de Maomé, é um sistema que rege todos os aspectos da vida dos muçulmanos e não caberia se fosse aplicada aos cristãos.