É de conhecimento internacional que faz parte da história do Sudão os conflitos armados dentro de suas fronteiras. A religião tem desempenhado um papel importante nesses conflitos. A região norte é dominada por tribos árabes muçulmanas e a região sul tem sido dominada pelos povos africanos, principalmente cristãos e animistas.

Logo após a independência do domínio colonial, em 1956, as políticas de arabização e islamização do governo norte, tornaram o clima tenso entre norte e sul. Quando o governo implementou a sharia (conjunto de leis islâmicas), em 1983, ele ascendeu em grande escala a guerra civil brutal, que durou mais de 20 anos. Em 2005, quando a guerra chegou ao fim com a assinatura do Acordo de Paz Global (CPA - Comprehensive Peace Agreement), um conjunto de protocolos que previam um roteiro para a paz incluíam decisões sobre questões como governança e de partilha de produção-receita. Uma faceta importante do CPA foi o fato de que ele permitiu um referendo sobre a secessão do sul.

No entanto, faltava clareza sobre o futuro das três áreas de fronteira (Nuba, Abyei e Nilo Azul), que têm grande importância estratégica, econômica e geográfica, e também grandes reservas de petróleo. Embora estas áreas tivessem lutado pela independência ao lado do sul, apenas o CPA ofereceu um "processo de consulta popular", para eles, porém, muito mal definido.

A tensão imediatamente passou a existir entre o governo e os cidadãos das montanhas de Nuba, porque o governo manteve-se dedicado à sharia e constantemente frustrando o processo político pelo qual o povo de Nuba poderia ganhar maior autonomia. Em junho desse ano, o acordo foi quebrado completamente e o Exército de Libertação do Norte (SPLA-N), exército rebelde do povo do Sudão, entrou numa batalha por maior autonomia e, em grande medida, pela liberdade religiosa. O governo sudanês, por sua vez começou uma campanha brutal para reprimir a rebelião.